স্টেরিও মাইক্রোস্কোপের কার্যনির্বাহী নীতিটি বাইনোকুলার স্টেরিও ভিশনের উপর ভিত্তি করে তৈরি করা হয়েছে, যা দুটি স্বতন্ত্র অপটিক্যাল পথের মাধ্যমে ত্রি-মাত্রিক পর্যবেক্ষণ পদ্ধতি সরবরাহ করে।
স্টেরিও মাইক্রোস্কোপের মূলটি এর অপটিক্যাল স্ট্রাকচার ডিজাইনের মধ্যে রয়েছে, এতে সাধারণত একটি সাধারণ প্রাথমিক উদ্দেশ্য লেন্স থাকে। ইমেজিংয়ের পরে দুটি হালকা মরীচি অবজেক্টটি মধ্যবর্তী উদ্দেশ্যমূলক লেন্সগুলির দুটি সেট দ্বারা পৃথক করা হয় (জুম লেন্স গ্রুপগুলিও বলা হয়) এবং একটি নির্দিষ্ট কোণ তৈরি করে (সাধারণত 12 থেকে 15 ডিগ্রি) এবং তারপরে তাদের নিজ নিজ আইপিসগুলির মাধ্যমে চিত্র তৈরি করে। এই নকশাটি বাম চোখ এবং ডান চোখকে কিছুটা আলাদা করে দেখেছে এমন চিত্রগুলি তৈরি করে এবং মস্তিষ্ক এই চিত্রগুলিকে ফিউজ করে বস্তুর ত্রিমাত্রিক ধারণাটি পুনর্গঠন করতে।
